Tuy hạt dưa là món ăn ngon và vui trong ngày Tết tuy nhiên trước đây khá lâu cũng có nhiều cảnh báo về những nguy cơ khi ăn hạt dưa như một số nơi phát hiện hạt dưa có chất gây ung thư bởi tính chất độc hại của phẩm màu công nghiệp được dùng để nhuộm hạt dưa. Theo các chuyên gia dinh dưỡng, màu công nghiệp Rhodamin B là chất độc có thể gây ngộ độc hoặc gây ung thư nếu dùng lâu dài nên bị cấm sử dụng trong thực phẩm. Rhodamin B là một hợp chất hóa học thường được sử dụng như thuốc nhuộm đánh dấu vết để xác định hướng và lưu tốc của dòng chảy. Thuốc nhuộm rhodamin phát huỳnh quang, do đó có thể phát hiện dễ dàng bằng huỳnh quang kế. Do giá thành thấp, giúp màu sắc tươi tắn, sặc sỡ, bền màu nên trước đây các cơ sở sản xuất hạt dưa thường chọn phẩm màu này để nhuộm màu mà không biết rằng nó là một chất độc hại. Tuy nhiên ngày nay khi các thông tin về chất này được phổ biến rộng rãi thì không ai sử dụng nó trong chế biến hạt dưa nữa. Bên cạnh việc quản lý xuất xứ hàng hóa và các chỉ tiêu an toàn vệ sinh thực phẩm được các cơ quan chức năng giám sát chặt chẽ thì nhận thức của người tiêu dùng cũng đã được nâng cao nên nếu hạt dưa nhuộm phẩm màu thì không thể tiêu thụ được do đó các cơ sở sản xuất ngày nay không ai dùng phẩm màu để nhuộm hạt dưa mà tất cả đều để nguyên màu tự nhiên của hạt dưa khi chế biến. Bên cạnh đó các biện pháp quản lý chất lượng sản phẩm cũng được các cơ sở sản xuất thực hiện một cách nghiêm chỉnh theo tiêu chuẩn GMP nên các sản phẩm hạt dưa ngày nay đang lưu thông trên thị trường có nhãn mác và số hiệu đăng ký, mã vạch, tên cơ sở sản xuất, địa chỉ sản xuất rõ ràng đều là những sản phẩm đảm bảo độ an toàn cao cho người sử dụng.